Rhinogen® PNGase F(Glycerol-free)是一種高度純化和非常穩定的糖苷内切酶,具(jù)有(yǒu)穩定性高、比活性高等特點。适用(yòng)于蛋白質(zhì)組學(xué)及糖生物(wù)學(xué)研究中(zhōng)糖蛋白上N-連寡糖鏈的有(yǒu)效釋放。
高純度:沒有(yǒu)污染蛋白酶/其它糖苷酶,純度≥95%;
高穩定性:每批PNGase F産(chǎn)品都經過嚴格的質(zhì)量控制,以實現産(chǎn)品批間穩定性;
高比活性:有(yǒu)效和完全的釋放N-連聚糖;
與下遊HPLC、質(zhì)譜兼容:不含甘油,酶切體(tǐ)系與HPLC及質(zhì)譜工(gōng)作(zuò)流程環境兼容。
背景:
科(kē)學(xué)研究表明,人體(tǐ)中(zhōng)存在的蛋白質(zhì)超過50%是以糖蛋白的形式存在。蛋白質(zhì)糖基化作(zuò)為(wèi)生物(wù)體(tǐ)内最重要的蛋白質(zhì)翻譯後修飾形式之一,具(jù)有(yǒu)重要的生物(wù)學(xué)功能(néng),不僅影響蛋白質(zhì)的空間構象、生物(wù)活性、運輸及定位等,而且還參與分(fēn)子識别、細胞通信、細胞分(fēn)化、信号轉導、免疫應答(dá)等等在内的各種重要生命活動。在多(duō)種疾病,如腫瘤(FDA已批準的用(yòng)于癌症疾病診斷和監控的生物(wù)标志(zhì)物(wù)中(zhōng)大部分(fēn)是糖蛋白)、神經退行性疾病、心血管病、代謝(xiè)性疾病、免疫性疾病及感染性疾病的發生發展中(zhōng)均伴随着蛋白質(zhì)糖基化程度及糖鏈結構異常的發生。此外,糖基化還顯著影響生物(wù)治療劑的生物(wù)活性、靶标、運輸、血清半衰期、清除率及受體(tǐ)識别等性質(zhì)。例如,重組促紅細胞生成素的藥代動力學(xué)和效力受其糖基化狀态的嚴重影響,而單克隆抗體(tǐ)通過ADCC介導功效的能(néng)力受Fc區(qū)岩藻糖含量的影響,因此蛋白質(zhì)糖基化研究是繼核酸、蛋白質(zhì)之後生命科(kē)學(xué)中(zhōng)又(yòu)一極具(jù)潛力的研究領域,具(jù)有(yǒu)重要理(lǐ)論及應用(yòng)意義。FDA要求所有(yǒu)類型的糖蛋白都需要進行糖型分(fēn)析。
來源于Flavobacterium meningsepticum 的肽N-糖苷酶F(PNGase F,EC 3.5.1.52)是從糖蛋白中(zhōng)特異性除去N-連聚糖的糖苷内切酶,是一類重要的糖基化研究的工(gōng)具(jù)酶,被廣泛用(yòng)于治療性蛋白質(zhì)上N-連糖鏈位點、結構信息及功能(néng)關系的研究。Rhinogen® PNGase F(Glycerol-free)是表達于大腸杆菌 BL21中(zhōng)的重組PNGase F,能(néng)夠将絕大多(duō)數N-糖鏈(除含α-1,3連接的核心岩藻糖,常見于植物(wù)及昆蟲糖蛋白)完整地從其所連接的蛋白分(fēn)子上釋放下來,可(kě)以在 N-連糖肽或糖蛋白的高甘露糖、雜合和複雜寡糖部分(fēn)最内側的 N-乙酰葡萄糖胺(GlcNAc)和天冬酰氨殘基(Asn)之間進行切割,釋放出完整的寡糖鏈,如圖1A。在釋放糖鏈的同時将氨基酸特征序列上的天冬酰胺殘基轉化為(wèi)天冬氨酸殘基,其賦予蛋白質(zhì)+ 1Da質(zhì)量變化,如圖1B。它對多(duō)種底物(wù)具(jù)有(yǒu)高度活性,包括純化的糖蛋白和人血清糖蛋白的複合混合物(wù)。此外,由于不含甘油,在非變性條件下,酶與HPLC及質(zhì)譜工(gōng)作(zuò)流程環境兼容。連接到N-連寡糖的磷酸鹽,硫酸鹽和唾液酸基團不影響N-糖鏈的釋放。
圖1A. PNGase F特異性切割位點;圖1B. PNGase F釋放糖鏈的反應機制
産(chǎn)品包裝(zhuāng):
Rhinogen® PNGase F(Glycerol-free)包裝(zhuāng)規格如下:
目錄号 |
規格 |
濃度 |
QPF-001-A |
15,000U/30μl |
500,000U/ml |
QPF-001-B |
5×15,000U/30μl |
500,000U/ml |
儲存體(tǐ)系:
QPF-001儲存在緩沖液中(zhōng),以液體(tǐ)的形式提供。緩沖液的組成為(wèi):50 mM NaCl,20 mM Tris-HCl (pH 7.5 at 25°C),5 mM EDTA ,本品不含甘油,與下遊HPLC、MS分(fēn)析兼容。
配套試劑:
試劑
成分(fēn)
10×Denaturing緩沖液
5%SDS, 0.4M DTT
10×Glyco緩沖液2
0.5M Sodium Phosphate(pH7.5 at 25°C)
10%NP-40溶液
10%NP-40
産(chǎn)品來源:
Rhinogen® PNGase F(Glycerol-free)是一種将來源于Flavobacterium meningsepticum 的PNGase F基因重組到pET28aT7啓動子下遊,并在大腸杆菌BL21中(zhōng)進行表達後分(fēn)離得到的重組糖苷酶,其分(fēn)子量大小(xiǎo)為(wèi)36KDa。
産(chǎn)品質(zhì)量:
SDS-PAGE分(fēn)析,純度≥95%;沒有(yǒu)檢測到污染的外切糖苷酶、糖苷内切酶及蛋白酶活性。
産(chǎn)品特性:
最适反應pH:7.5;熱失活條件:75°C處理(lǐ)10 min。
酶活定義:
1個酶活力單位定義:在10 μl反應體(tǐ)系中(zhōng),37°C,pH7.5條件下,1小(xiǎo)時内催化釋放10μg變性RNase B>95%N-連寡糖所需要的酶量。
1U Rhinogen® PNGase F=1 unit NEB PNGase F。不同公(gōng)司産(chǎn)品的酶活力單位換算,請參考活力單位轉換表,如下:
Enzyme
Company
Selling Conc. (U/ml)
Units /Vial
µl
/Vial
Rhinogen®
Assay (U/ml)
Rhinogen®
Assay Units /Vial
µl Conversion
(1Rhinogen®µl = x Company µls)
PNGase F
Rhinogen®
(QPF001/
QPF-002)
500,000
15,000
30
500,000
15,000
1
NEB (NEB #P0708)
500,000
15,000
30
500,000
15,000
1
Prozyme (GKE-5006A)
2.5
0.1
40
150,000
6,000
3.3
Prozyme (GKE-5020B, Ultra)
10
0.4
40
500,000
20,000
1
QA Bio (E-PNG01)
5
0.3
60
200,000
12,000
2.5
Sigma (P7367)
500
50
50
90,000
4,500
5.5
保藏條件:
采用(yòng)冰袋運輸,收到産(chǎn)品後請立即将酶置于4℃,嚴禁凍存;配套試劑置于-20℃儲存。本品不含防腐劑,務(wù)必确保無菌操作(zuò)取用(yòng),避免污染。
應用(yòng):
1. 從糖肽及糖蛋白上釋放完整的N-連聚糖;
2. 表征蛋白質(zhì)是否糖基化;
3. 用(yòng)于分(fēn)子量檢測或晶體(tǐ)學(xué)研究時去糖基化蛋白質(zhì)的制備;
4. N-糖基化糖蛋白的結構-功能(néng)研究;
5. 糖基化位點的确定。
PNGase F 去糖基化後得到什麽産(chǎn)物(wù)? |
利用(yòng) Rhinogen PNGase F(Glycerol-free)進行糖蛋白去糖基化後,會釋放出完整的寡糖鏈,并在釋放糖鏈的同時将氨基酸特征序列上的天冬酰胺殘基轉化為(wèi)天冬氨酸殘基。 |
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為(wèi)什麽蛋白被降解了?是否可(kě)以在 PNGase F 去糖基化反應體(tǐ)系中(zhōng)加入蛋白酶抑制劑? |
蛋白酶會幹擾去糖基化實驗的結果,當蛋白質(zhì)處于變性狀态時,它更容易被蛋白酶切割。下列蛋白酶抑制劑中(zhōng)的任何一種均可(kě)用(yòng)于 Rhinogen PNGaseF(Glycerol-free)去糖基化反應體(tǐ)系中(zhōng):抑肽酶 (終濃度 10μg/ml)苄脒(終濃度 1mM)胃蛋白酶抑制劑(終濃度 10μg/ml)亮肽素(終濃度 1μM)EGTA(終濃度 1mM)EDTA(終濃度 1mM)各種蛋白酶抑制劑建議配制成 1000×的濃縮母液,胃蛋白酶抑制劑溶解在甲醇溶液中(zhōng),其餘抑制劑均溶解在水中(zhōng)。 |
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對于天然糖蛋白,我應該用(yòng)多(duō)少Rhinogen PNGase F(Glycerol-free)去除糖蛋白上的寡糖鏈? |
當糖蛋白不用(yòng)SDS變性時,由于空間位阻效應(二級和三級蛋白質(zhì)結構),Rhinogen PNGase F(Glycerol-free)相對很(hěn)難到達寡糖鏈的切割位點。有(yǒu)時更多(duō)的酶及更長(cháng)的反應時間有(yǒu)助于提高酶去除寡糖鏈的效率,但每種糖蛋白都有(yǒu)其特異性,必須根據實驗或者經驗确定。 |
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表面活性劑是否會抑制外切糖苷酶/糖苷内切酶活性? |
離子及非離子型表面活性劑在0.5-1.0%濃度範圍時,大多(duō)數糖苷酶都不受或受到較小(xiǎo)影響。但PNGase F、O-Glycosidase 及 β1 -4 Galactosidase 這3種酶會受SDS的抑制,必須加入1%終濃度的NP-40到反應混合物(wù)中(zhōng)才能(néng)解除抑制。 |