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Protein Deglycosylation Kit Ⅱ(for N-Linked & Simple O-Linked Glycans)

Rhinogen® Protein Deglycosylation KitⅡ(for N-Linked & Simple O-Linked Glycans)具(jù)有(yǒu)穩定性高、比活性高等特點,是三種高度純化和非常穩定的糖苷内切酶的組合,适用(yòng)于蛋白質(zhì)組學(xué)及糖生物(wù)學(xué)研究中(zhōng)糖蛋白上所有(yǒu)N-連聚糖及常見相對簡單O-連聚糖的有(yǒu)效釋放。

高純度:沒有(yǒu)污染蛋白酶/其它糖苷酶,純度≥95%;

高穩定性:每批Kit試劑盒中(zhōng)酶及試劑都經過嚴格的質(zhì)量控制,以實現高穩定性;

高比活性:有(yǒu)效和完全的釋放所有(yǒu)N-連聚糖及常見O-連聚糖;

HPLCMS兼容:試劑盒中(zhōng)所有(yǒu)的酶及試劑與下遊HPLCMS兼容。



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QPF-009
1 kit
詢價

産(chǎn)品概述

背景:

       Rhinogen® Protein Deglycosylation KitⅡ(for N-Linked & Simple O-Linked Glycans)包含去除所有(yǒu)N-連和相對簡單O-連聚糖所需要的酶及試劑。其中(zhōng)的酶試劑是三種糖苷酶的混合物(wù),包括PNGase F、O-Glycosidase、α2-3.6.8.9Neuraminidase。該試劑盒包含的所有(yǒu)酶及試劑均與下遊HPLC及MS兼容。PNGase F是從糖蛋白中(zhōng)特異性除去N-連聚糖的糖苷内切酶,能(néng)夠将絕大多(duō)數N-糖鏈(除最内測GlcNac上連有(yǒu)α-1,3岩藻糖殘基,常見于植物(wù)及昆蟲糖蛋白)完整地從其所連接的蛋白分(fēn)子上釋放下來,可(kě)以在N-連糖肽或糖蛋白的高甘露糖、雜合和複雜寡糖部分(fēn)最内側的N-乙酰葡萄糖胺(GlcNAc)和天冬酰氨殘基(Asn)之間進行切割,釋放出完整的寡糖鏈,如圖1。

圖1. PNGase F可(kě)以從糖蛋白或糖肽上切割釋放幾乎所有(yǒu)類型的N-連糖鏈

 

       但是對于O-連聚糖,由于沒有(yǒu)一種像PNGase F的通用(yòng)糖苷内切酶,必須通過一系列糖苷酶除去單糖。Rhinogen® O-Glycosidase及α2-3,6,8,9 Neuraminidase組合用(yòng)于糖蛋白唾液酸修飾的O-連糖鏈的酶切釋放,Rhinogen®α2-3,6,8,9 Neuraminidase能(néng)夠釋放O-連糖鏈非還原末端α (2,3)-, α (2,6)-, α (2,8)-, α (2,9)-唾液酸殘基。在去除末端唾液酸殘基的修飾後,Rhinogen® O-Glycosidase能(néng)夠将糖蛋白中(zhōng)SerThr殘基的羟基連接的Core 1Gal-β(1-3)-GalNAc-)及Core 3GlcNAc-β(1-3)-GalNAc-O-連雙糖釋放下來,如圖2

2. Rhinogen® O-Glycosidase及α2-3,6,8,9 Neuraminidase組合用(yòng)于常見二或三唾液酸修飾的O-連糖鏈的酶切釋放

 

包裝(zhuāng)規格:

       Rhinogen® Protein Deglycosylation KitⅡ(for N-Linked & Simple O-Linked Glycans)包裝(zhuāng)規格如下:

     目錄号
                                  組成
       規格
  體(tǐ)積
    QPF-009

                    PNGase F (Glycerol-free)  

O-Glycosidase

                   α2-3,6,8,9 Neuraminidase

     15,000U

    1,200,000U

       0.6U

  30μl

  30μl

  30μl

配套試劑:

       Rhinogen® Protein Deglycosylation KitⅡ(for N-Linked & Simple O-Linked Glycans)配套提供的試劑如下:

                  試劑
                                   成分(fēn)
10×Denaturing緩沖液
5%SDS,0.4M DTT
10×Glyco緩沖液2
0.5MSodium Phosphate(pH7.5 at 25°C)
10%NP-40溶液
10%NP-40
産(chǎn)品來源:

       本試劑盒中(zhōng)的所有(yǒu)酶都是大腸杆菌BL21中(zhōng)表達并分(fēn)離純化的重組酶:PNGase F 基因來源于Flavobacterium meningsepticum,分(fēn)子量為(wèi)36kDa;O-Glycosidase基因來源于Enterococcus Faecalis分(fēn)子量為(wèi)147kDaα2-3,6,8,9 Neuraminidase基因來源于Arthrobacter ureafaciens分(fēn)子量為(wèi)66KDa

産(chǎn)品質(zhì)量:

       SDS-PAGE分(fēn)析,純度≥95%;沒有(yǒu)檢測到污染的外切糖苷酶、内切糖苷酶及蛋白酶活性。

酶活定義:

      1個PNGase F酶活力單位定義:在10 μl反應體(tǐ)系中(zhōng),37°C,pH7.5條件下,1小(xiǎo)時内催化釋放10μg變性RNase B95%N-連寡糖所需要的酶量。1U Rhinogen® PNGase F=1 unit NEB PNGase F。

      1個O-Glycosidase酶活力單位定義:在100 μl反應體(tǐ)系中(zhōng),37°C,pH7.5條件下,1小(xiǎo)時内從5mg唾液酸酶消化後的非變性fetuin 上催化釋放0.68nmol O-連二糖所需要的酶量。1U Rhinogen® O-Glycosidase =1 unit NEB O-Glycosidase。

      1個α2-3,6,8,9 Neuraminidase酶活力單位定義:在37°C,pH5.5條件下,以對硝基苯基-α-D-N-乙酰神經氨酸為(wèi)底物(wù),1分(fēn)鍾内催化釋放1 μmol 對硝基苯酚所需要的酶量。1U Rhinogen® α2-3,6,8,9 Neuraminidase =1 U Prozyme Glyko® Sialidase ATM

儲存條件:

       采用(yòng)冰袋運輸,收到産(chǎn)品後請立即将酶置于4,嚴禁凍存配套試劑置于-20℃儲存。本品不含防腐劑,務(wù)必确保無菌操作(zuò)取用(yòng),避免污染。

産(chǎn)品特點:

       Rhinogen® Protein Deglycosylation KitⅡ(for N-Linked & Simple O-Linked Glycans)具(jù)有(yǒu)穩定性高、比活性高等特點,是三種高度純化和非常穩定的糖苷内切酶的組合,适用(yòng)于蛋白質(zhì)組學(xué)及糖生物(wù)學(xué)研究中(zhōng)糖蛋白上所有(yǒu)N-連聚糖及常見相對簡單O-連聚糖的有(yǒu)效釋放。

       1. 高純度:沒有(yǒu)污染蛋白酶/其它糖苷酶,純度≥95%;

       2. 高穩定性:每批Kit試劑盒中(zhōng)酶及試劑都經過嚴格的質(zhì)量控制,以實現高穩定性;

       3. 高比活性:有(yǒu)效和完全的釋放所有(yǒu)N-連聚糖及常見O-連聚糖;

       4. HPLCMS兼容:試劑盒中(zhōng)所有(yǒu)的酶及試劑與下遊HPLCMS兼容。 

應   用(yòng):

       1. 聚糖結構分(fēn)析;

       2. 結合位點及功能(néng)分(fēn)析;

       3. 治療性糖蛋白的表征及質(zhì)量控制;

       4. 蛋白質(zhì)組學(xué)分(fēn)析,消除糖蛋白的異質(zhì)性

使用(yòng)建議:

       1、變性條件下去糖基化方案

       110-100µg糖蛋白溶液,加入3µl 10×Denaturing緩沖液,補加純化水使得反應體(tǐ)系為(wèi)30µl;

       2)将上述30µl體(tǐ)系100℃處理(lǐ)10min,使糖蛋白完全變性;

       3)室溫冷卻5min;

       4在上述變性體(tǐ)系中(zhōng),分(fēn)别加入5µl 10×Glyco緩沖液2、5µl 10% NP-40溶液、1-2μl PNGase F(Glycerol-free)、1-2μl O-Glycosidase、1-2μl α2-3.6.8.9Neuraminidase,補加純化水至反應總體(tǐ)積為(wèi)50μl,輕柔混勻;

       5)37°C 條件下反應1-5hr;

       注意:大多(duō)數糖蛋白樣品在37°C 條件下反應1-5hr後能(néng)夠被完全去糖基化;然而對于一些複雜的糖蛋白樣品可(kě)能(néng)需要延長(cháng)反應時間。

       2、非變性條件下去糖基化方案:

       1)取10-100µg糖蛋白溶液,加入5μl 10×Glyco緩沖液2、1-2μl PNGase F(Glycerol-free)、1-2μl O-Glycosidase、1-2μl α2-3.6.8.9Neuraminidase,補加純化水至反應總體(tǐ)積為(wèi)50μl,輕柔混勻;

       2)37°C 條件下反應4-24hr;

       注意:當對天然糖蛋白去糖基化時,建議将等量糖蛋白樣品進行變性後再同步進行酶切去糖基化實驗作(zuò)為(wèi)陽性對照,以确定非變性條件下去糖基化反應的程度。

操作(zuò)說明:

       1. 上述操作(zuò)方法旨在為(wèi)Rhinogen® Protein Deglycosylation KitⅡ(for N-Linked & Simple O-Linked Glycans)作(zuò)為(wèi)去糖基化試劑操作(zuò)的一般指南,對于不同的糖蛋白樣品,去糖基化活性高度依賴于反應條件,建議進行适當優化或根據經驗确定最優的操作(zuò)方法;

       2. 反應體(tǐ)系可(kě)以線(xiàn)性放大或縮小(xiǎo);

       3. 本産(chǎn)品适用(yòng)于天然或者變性糖蛋白,當變性時,大多(duō)數糖蛋白能(néng)更有(yǒu)效地去糖基化。對于天然糖蛋白的去糖基化,可(kě)能(néng)需要更多(duō)的酶及更長(cháng)的反應時間;

       4. 變性及非變性條件下的去糖基化處理(lǐ)方案得到的樣品均與下遊質(zhì)譜兼容;

       5. Fetuin可(kě)用(yòng)作(zuò)有(yǒu)效的陽性對照。試劑盒提供的Fetuin濃度為(wèi)10mg/ml

       6. 本試劑盒不建議用(yòng)于粘蛋白樣底物(wù)(Mucin-like substrates)的去糖基化;

       7. 本産(chǎn)品僅供研究使用(yòng),不适用(yòng)于人或動物(wù)診斷或治療用(yòng)途。

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常見問題

此試劑盒與下遊HPLC及MS兼容嗎?

是的,Rhinogen® Protein Deglycosylation Kit Ⅱ 所有(yǒu)的酶及緩沖試劑均與下遊HPLC及MS應用(yòng)兼容。可(kě)以采用(yòng)微透析或微量過濾制備HPLC及MS分(fēn)析的蛋白。


用(yòng)Rhinogen® Protein Deglycosylation Kit Ⅱ 進行去糖基化反應後沒有(yǒu)糖鏈釋放,是什麽原因呢(ne)?

Rhinogen® Protein Deglycosylation Kit Ⅱ 包含了釋放幾乎所有(yǒu)N-連糖鏈及常見的相對簡單的core 1 及core 3 O-連糖鏈的必要酶及緩沖試劑。 1)當與Asn連接的核心N-GlcNAc被α1-3岩藻糖(通常在植物(wù)或昆蟲蛋白質(zhì)中(zhōng)發現)修飾時,會導緻寡糖鏈對PNGase F有(yǒu)抗性作(zuò)用(yòng),此時需要使用(yòng)PNGase A; 2)由于空間位阻效應(蛋白質(zhì)的二級或三級結構)會阻礙PNGase F及O- Glycosidase到達正确的切割位點,此時可(kě)能(néng)需要變性或者加入更多(duō)的酶及延長(cháng)反應時間; 3)樣品緩沖液中(zhōng)避免有(yǒu)SDS,因為(wèi)SDS會抑制PNGase F,O-Glycosidase和β1-4 Galactosidase的酶活;樣品緩沖體(tǐ)系的pH不宜過酸或過堿,過酸過堿的pH環境均可(kě)能(néng)導緻酶的失活,建議使用(yòng)低摩爾濃度、pH中(zhōng)性的緩沖體(tǐ)系。 4)确認您的靶标蛋白有(yǒu)被糖基化,在不同組織,生物(wù)體(tǐ)和/或生長(cháng)階段及不同的表達系統的各種變量都可(kě)能(néng)會導緻蛋白糖基化程度的改變; 5)如果釋放的寡糖鏈分(fēn)子量低,尤其是從分(fēn)子量大的蛋白質(zhì)上釋放較小(xiǎo)分(fēn)子量的寡糖鏈,此時糖蛋白與去糖基化後的蛋白在SDS-PAGE上的遷移率很(hěn)難區(qū)分(fēn)。


對于天然糖蛋白樣品的去糖基化,應該采用(yòng)多(duō)少Protein Deglycosylation Kit Ⅱ?

對于特定的糖蛋白底物(wù),由于糖基化的程度、多(duō)樣性以及蛋白質(zhì)的空間構象複雜性的不同,在非變性條件下,建議設計實驗進行适當優化,可(kě)能(néng)需要更多(duō)的酶及延長(cháng)反應時間。對于一些複雜的糖蛋白樣品,在非變性條件下即使延長(cháng)反應時間可(kě)能(néng)也隻能(néng)部分(fēn)去糖基化,此時需要加入其它的酶。


Rhinogen® Protein Deglycosylation Kit Ⅱ 理(lǐ)想的對照底物(wù)是什麽?

Fetuin由于同時包含有(yǒu)唾液酸化的N-連及O-連糖鏈,是使用(yòng)本試劑盒理(lǐ)想的對照底物(wù)。


是否可(kě)以在Protein Deglycosylation Kit Ⅱ去糖基化反應體(tǐ)系中(zhōng)加入蛋白酶抑制劑?

蛋白酶會幹擾去糖基化實驗的結果,當蛋白質(zhì)處于變性狀态時,它更容易被蛋白酶切割。因此,以下蛋白酶抑制劑中(zhōng)的任何一種均可(kě)用(yòng)于Rhinogen® Protein Deglycosylation Kit Ⅱ 去糖基化反應體(tǐ)系中(zhōng):
抑肽酶 (終濃度10μg/ml);苄脒(終濃度1mM);胃蛋白酶抑制劑(終濃度10μg/ml);亮肽素(終濃度1μM);EGTA(終濃度1mM);EDTA(終濃度1mM);
各種蛋白酶抑制劑建議配制成1000×的濃縮母液。胃蛋白酶抑制劑溶解在甲醇溶液中(zhōng),其餘均溶解在水中(zhōng)。

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